Fundado en 2007, actualizado y rediseñado en 2014, es un programa orientado a la formación de recursos humanos altamente calificados en materia de investigación y desarrollo tecnológico, con un conocimiento integral y multidisciplinario, capaces de contribuir a la sustentabilidad de los sistemas hídricos y de incorporarse a un proceso de formación doctoral, a entidades académicas o como asesores tecnológicos en el sector hídrico a nivel regional, nacional e internacional. Además, el Instituto cuenta actualmente con un nuevo programa a distancia orientado a la capacitación de profesionistas sólidos para comprender y analizar la problemática del recurso hídrico, así como proponer y aplicar soluciones bajo una perspectiva integral e interdisciplinaria en los distintos sectores de desarrollo.